Penyelesaian permasalahan DPOD menggunakan metode berjenjang, yaitu:
- Sidang DPOD : Sidang DPOD adalah forum anggota DPOD dalam memberikan pertimbangan kepada Presiden Republik Indonesia.
- Rapat Tim Teknis : Tim Teknis adalah para pimpinan tinggi madya dari kementerian/lembaga pemerintah non kementerian yang menjadi anggota DPOD.
- Rapat Kelompok Kerja/Pokja : Kelompok kerja adalah para pimpinan tinggi pratama dari kementerian/lembaga pemerintah non kementerian yang menjadi anggota DPOD.
- Rapat Koordinasi Sekretariat : Rapat Koordinasi Sekretariat adalah rapat yang diikuti oleh seluruh anggota Sekretariat DPOD berdasarkan Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 118.05–2274 Tahun 2017 tentang Pengesahan Pembentukan Tim Teknis dan Kelompok Kerja pada Sekretariat Dewan Pertimbangan Otonomi Daerah Tahun Anggaran 2017.